1 гуглехром абсолютно некорректно обрабатывает магнетссылки и груповые ссылки — через IE9 на Win 7 64bit — все работает(почему бы вам не написать в http://blog.chromium.org/ о багах их браузера и не сказать что он «к употреблению не годен!»
2 после закрытия Пирса список закачек сохраняется. Возможно у вас проблема с правами на запись в DownloadQueue
3 В результатах поиска правой кнопкой мыши >Список файлов получается замечательно
4 См п1
И «производительность» если под этим понимать потребление системных ресурсов при том же количестве пользователей на хабе — не намного отличается от нового Flylinka
Решение проблемы с перехватом ссылок — http://911dc.ru/index.php?option=com_content&view=article&id=50&Itemid=69